اهم مسائل و مشکلات شرکتهای دانش بنیان، بدین شرح است:
- زمان‌بر و هزینه‌بربودن شرایط احراز دانش‌بنیان‌بودن برای شرکتهای نوپا از طریق معاونت علم و فناوری
- عدم اجرا یا اجرای ناقص و سلیقه‌ای قانون حمایت از شرکتهای دانش‌بنیان مصوب 89/8/30
- کمبود آزمایشگاه و تجهیزات کارگاهی
- نبود تعامل کافی میان شرکتهای علمی و تحقیقاتی و شهرک‌ها و قطب‌های صنعتی: در صورت وجود چنین تعاملی، شهرکهای علمی و تحقیقاتی می‌توانند با عقد قرارداد و اجاره تجهیزات صنعتی بنگاههای صنعتی راکد و نیمه راکد، ضمن به حرکت درآوردن چرخ صنایع راکد، دغدغه ساخت و خرید تجهیزات گران قیمت و سنگین را از دوش فناوری برداشته و باعث چابکی در واحدهای فناور شود.
- عدم انعقاد قرارداد میان شهرکهای علمی و تحقیقاتی با صنایع بزرگ و مادر به منظور برون‌سپاری بخشی از فرآیند تحقیق و توسعه صنایع بزرگ و مادر: در صورت انعقاد چنین قراردادهایی، ضمن رونق واحدهای فناور و دانش‌بنیان، هزینه تحقیق و توسعه و تولید پایلوت برای واحدهای صنعتی بزرگ را به شدت کاهش می‌دهد.
